因为在死海文书方面的研究贡献，逐渐被SEELE组织核心承认，终于在2010年，SEELE核心扩大到13人，第十三人就是碇源堂
然后在SEELE的支持下，碇源堂成为了联合国日本代表，发表了一部分死海文书研究成果，提出日本战场计划，成立NERV组织正式对抗使徒，新组织由碇源堂作为司令
至此，碇源堂把一切复活妻子··并且和妻子一起永生的这个计划的准备条件布置完毕。
从一开始，碇源堂所作的人类补全计划就和SEELE没有一毛钱关系，他的目的，只是为了再次见到碇唯
然而他忽略了一个问题，他最爱的是碇唯，他为了弥补他自认为自己的错误要复活妻子。
却忘记了，当年二人的孩子出生之后，二人那发自内心的喜悦，碇唯也爱他，但碇唯更爱自己的儿子
所以在第三次冲击引动之后，碇唯阻止了人类补全，救下了真嗣和明日香，延续了这个世界
第122章.011水蛇丸
在原作后期，SEELE已经开始怀疑碇源堂，甚至做出了建造EVA量产机对抗初始型的准备。
其中零号机是测试机，初号机也是单独建造，然而二号机至八号机属于一个批次先后建造
在SEELE最开始的计划之中，要用一共五台EVA对抗全部使徒，最后压制亚当，由人类来作为主导完成人类补全计划。
那么SEELE也知道EVA的危险性，在设计2-8号这七台机体的时候，就已经做好了其中几台可能会出问题的准备
比如说第一个实验人工S2机关的四号机，就带着美国麻省··马萨诸塞州的NERV第二支部消失了，这种危险性SEELE已经做好了准备，后续七台能有三四台能用就算是完美了
所以此时的天朝首都，EVA世界的NERV第五支部主持建造的八号机已经即将完成了，EVA不是说随随便便谁都能上去开的，即便建造完成也还需要理论上一至三年的训练才能用于实战
原作里面说铃原东治是第四适格者，渚薰是第五适格者，其实这是不对的。
在中期阶段，也就是加持良治开始调查NERV总部的时候，或者说从一开始SEELE就没有完全信任过碇源堂
所以各个支部秘密培养的适格者，比如说真希波此时就在英国伦敦的NERV第四支部进行秘密训练，天朝首都也有一位适格者进行着八号机的匹配训练
此时的碇司令正非常苦逼和SEELE的元老们进行通讯，被恶狠狠的训斥着，第四使徒也就是长门这边多次逃跑让碇司令的能力受到质疑，司令没有任何辩解，因为他知道在成人社会里，辩解是最没有用的行为
另一边，真嗣和明日香从基地中离开，美里还要留在总部加班，她还是不放心现在的真嗣
“真嗣~”
“葛城小姐~”
“我们之间不用那么见外，叫我美里好了”
“这怎么行？”
，真嗣是一个敏感的孩子，他能感受到美里对他的照顾，于是腼腆的说道：“那··我叫你美里小姐好了”
美里开心的笑了，捏捏真嗣的脸蛋，“就这么办吧，我来告诉你一件事情，明日香也要住进我们的公寓，她的行礼都派人送过去了，但是··有点多，所以你回去之后帮一下她，好吗？”
真嗣从不会拒绝别人，虽然很不情愿，因为他不喜欢明日香这种性格，不过还是点点头，“是~，我知道了”
美里比真嗣自己都要了解他，“真嗣君~”
“什么？”
“明日香真的是一个好孩子”
，美里笑着拍拍真嗣的肩膀，“她的表现只是她的伪装，她就像是你··嘛~，加油吧”
“诶？”
真嗣还什么也不明白呢，美里却走了，于是少年回头看了一眼身后，因为刚才美里就是看到了什么才离开的，结果他看到的是明日香
“美里又要工作又要照顾你这样的家伙，真是辛苦啊~”
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